Amber 11, cea mai noua versiune a celei mai utilizate aplicatii in domeniul bio-chimiei si cercetarii dinamicii moleculare, este optimizata pe unitatile de procesare vizuala nVidia.
Amber 11
Aplicatia a inregistrat performante de procesare de pana la 100 de ori mai mari in comparatie cu serverele de procesare traditionale, bazate pe CPU. Unitatile de procesare vizuala ofera acum unui desktop obisnuit performante care inainte erau rezervate doar supercomputerelor, imbunatatind astfel munca cercetatorilor prin eliminarea timpului de asteptare pentru accesarea unui supercomputer comun sau a unei baze de severe.
Aplicatia Amber 11 este conceputa sa utilizeze la maxim performantele ultimei serii de unitati de procesare vizuala nVidia Tesla, care beneficiaza de arhitectura de procesare paralela CUDA in rularea sarcinilor complexe de procesare. In stadiile incipiente de testare in cadrul comunitatii utilizatorilor Amber, Dr. Walker a inregistrat in medie o crestere de pana la 30 de ori a vitezei de simulare a aplicatiilor bio-moleculare.
Performanta imbunatatita
Dr. Walker a punctat ca doar o singura unitate de procesare vizuala Tesla ofera la fel de multa putere de procesare cat 512 nuclee de procesor, in cazul simularii unei nanosecunde din viata unui nucelozom. Intr-o simulare simpla traditionala, precum testul JAC, s-a constatat ca o singura unitate Tesla GPU ofera echivalentul de procesare a 48 de nuclee din supercomputer-ul NSF Ranger.
"Datorita unitatilor de procesare vizuala, acum putem sa realizam cea mai mare parte a studiilor noastre pe calculatoarele personale, iar asta schimba totul. Orice department de cercetare interesat sa investeasca in resursele de procesare ar trebui sa inceapa prin a oferi fiecarui cercetator o statie de lucru bazata pe platforma GPU", a declarat Dr. Walker.
